Sejak jaman dulu sebelum bangsa Belanda datang ke Indonesia, negara ini yang mayoritas penduduknya beragama Islam telah memiliki masyarakat Muslim yang kuat. Islam di beberapa daerah di Indonesia menjadi agama resmi dan hukum negara, seperti di Kesultanan Aceh, Pagaruyung dan Bonjol (Minangkabau), Demak, Pajang, Mataram, Banjar, Pasai, serta di Malaka dan Brunei Semenanjung Malaya.
Prof. Mr. Lodewijk Willem Christian Van Den Berg juga meminta pemerintah Belanda agar memberlakukan hukum Islam terhadap orang-orang Indonesia yang beragama Islam, meskipun ada beberapa perubahan seperti yang tertulis dalam Pasal (75 RR Pasal 78) dan Pasal 109 RR stbld statbladaad 1854 No. 129 di Belanda dan S. 1855 No.2 di Hindia Belanda.

Pemerintah kolonial Belanda pertama kali membentuk pengadilan agama yang berbeda-beda di wilayah Hindia Belanda (Indonesia), seperti:

• Di Jawa dan Madura, terdapat pengadilan agama tetapi tidak ada hakim tersendiri. Peradilan agama dilakukan oleh pemimpin masjid yang disebut penghulu.
• Di Aceh, Jambi, Sambas, Pontianak, daerah-daerah pantai Kalimantan Tenggara, Sulawesi, Ternate, dan Ambon terdapat hakim agama tersendiri, selain pegawai-pegawai masjid yang juga menjadi hakim agama yang disebut Kali, Qadhi, atau Hakim.
• Di Minangkabau atau Sumatera Barat saat ini tidak ada hakim agama tersendiri, tetapi urusan agama diadili oleh rapat agama nagari yang anggota-anggotanya terdiri dari kepala-kepala Nagari.
• Di Tanah Gayo, Alas, dan Batak di Sumatera, sebagian besar Sumatera Selatan, Bangka, Belitung, dan Minahasa hanya dikenal sekelompok pegawai agama yang bertanggung jawab dalam menjaga masjid, melaksanakan perkawinan, dan pekerjaan lainnya sesuai dengan syariat Islam, namun mereka tidak memiliki kekuasaan kehakiman. Karena tidak ada hakim agama, sengketa tentang perkawinan dan perceraian diselesaikan oleh hakim pribumi.

Sejarah berdirinya Pengadilan Tinggi Agama Kendari dimulai ketika yurisdiksi pengadilan agama di wilayah Provinsi Sulawesi Tenggara masuk dalam yurisdiksi Pengadilan Tinggi Agama Makassar. Namun, sejak tahun 1995 berdasarkan Undang-Undang No. 3 Tahun 1995, Pengadilan Tinggi Agama Kendari didirikan bersamaan dengan tiga Pengadilan Tinggi Agama lainnya di Bengkulu, Palu, dan Kupang. Pengadilan Tinggi Agama Kendari mulai beroperasi dan menjalankan fungsinya sejak tanggal 25 November 1995 hingga sekarang.

Dalam sejarah pembinaan Badan Peradilan Agama, pada zaman kerajaan Islam hingga tahun 1982, pembinaan dilakukan langsung oleh sultan. Mulai tanggal 19 Januari 1882 hingga 25 Maret 1946, pembinaan dilakukan oleh Kementerian Kehakiman. Dari tanggal 26 Maret 1946 hingga 16 Desember 1970, pembinaan dilakukan oleh Departemen Agama. Sedangkan dari tanggal 17 Desember 1970 hingga 30 Juni 2004, pembinaan dilakukan oleh dua institusi yaitu secara teknis di bawah Mahkamah Agung dan secara organisatoris, administratif, dan finansial oleh Departemen Agama. Sejak tanggal 30 Juni 2004 hingga sekarang pembinaan Badan Peradilan Agama dilakukan oleh Mahkamah Agung RI.